Gli anni successivi alla scoperta delle Americhe furono anni di conquista. Nel corso del Cinquecento spagnoli e portoghesi occuparono i territori americani del centro e del sud, formando imperi di enormi dimensioni che cambiarono la storia del continente americano e del mondo.
Tra il 1519 e il 1522 i conquistadores spagnoli guidati da Hernàn Cortès conquistarono le terre messicane distruggendo il fiorente Impero azteco.
L’Impero dei maya nello Yucatàn fu sconfitto dai conquistadores guidati da Pedro de Alvarado.
L’immenso Impero degli incas, che si estendeva lungo quasi tutta la costa occidentale del Sud America, venne distrutto tra il 1533 e il 1535 da Francisco Pizarro, che guidava poco più di 200 uomini.
I territori conquistati diventarono Vicereami dell’Impero coloniale spagnolo: il Vicereame del Perù e il Vicereame della Nuova Spagna. La stragrande maggioranza della popolazione indigena venne massacrata o morì a causa delle malattie contratte dagli europei.